Um criminoso ou terrorista pode roubar um e-passaporte e substituir a fotografia por uma fraudulenta na página de dados impressos, mas existe uma cópia digital de sua fotografia no chip de segurança do e-passaporte que não pode ser alterada sem isso ser detectado.

As informações no chip - inclusive tudo o que está impresso na página de dados e a fotografia - são "assinadas" usando um tipo de selo eletrônico, chamado de assinatura digital. É virtualmente impossível falsificar um e-passaporte, porque ninguém pode duplicar o selo digital autêntico nos dados eletrônicos que são criados pela autoridade emitente do passaporte. Além disso, qualquer alteração nas informações do chip quebra o selo, então a falsificação fica evidente para um agente de fronteira.

No controle de passaportes, agentes de fronteira podem comparar a pessoa, o passaporte de papel e as informações assinadas no chip de segurança. Todos estes devem ser iguais para confirmar a identidade da pessoa apresentando o passaporte. Para vincular o passaporte de forma ainda mais segura com seu detentor, a União Europeia e outros países estão planejando armazenar uma impressão digital biométrica no chip. A Alemanha já tem uma impressão digital biométrica armazenada de forma segura no passaporte, e outros países da UE estão testando.